СБМД е създаден като Съюз на научните медицински дружества (СНМД) в България на 28 ноември 1968 г. по инициатива на авторитетни представители на научната медицинска общественост, с първи председател академик Алекси Пухлев. Съюзът е създаден като независима и доброволна обществена организация на научните дружества на лекарите, стоматолозите, фармацевтите и другите специалисти с висше образование, които работят в областта на медицината и здравеопазването. Регистриран е в Софийски градски съд през 1969 г. като дружество с идеална цел. Първоначално в него са членували 23 републикански научни медицински дружества, профилирани по специалности.
Последователно през годините председатели на Съюза са били изтъкнати учени като: член-кор. Георги Гълъбов, проф. Коста Заимов, проф. Начо Начев, проф. Иван Вълков и акад. Чудомир Начев.
Създаването на Съюза е породено от нуждите за обществена поддръжка на развитието на медицинската наука и здравеопазването на нивото на международните постижения и практика. Осъществяването на координационни функции, с провеждането на национални и международни научни прояви (конгреси, конференции, симпозиуми), с издаването на медицински списания и Информационен бюлетин, с дейността си по повишаване на квалификацията на медицинските специалисти, със създаването на трайни международни връзки и обмен на млади научни работници, СБМД успя в известна степен да постигне своите цели и да се наложи като авторитетна обществена организация на медици, стоматолози и фармацевти.
СБМД е осъществява международно сътрудничество главно в две направления:
- с партньорите си – Съюзите на научните медицински дружества от бившите социалистически страни, с които бяха подписани двустранни договори, които включваха и определен годишен контингент за безвалутен обмен за участие предимно на млади научни работници в медицинските прояви на съответните страни.
- с международни медицински неправителствени организации, в които са членували Съюза, научните дружества и секции, както и индивидуално техни членове. Чрез това членство е получавана информация за научния и организационен живот на дадената международна организация, за нейните прояви и за развитието на съответната специалност.
През март 2007 СБМД е приет за член на Съюза на европейските медицински специалисти (UEMS) – организацията на лекарите от Европейския съюз.
UEMS е създаден през 1958 г. с цел определяне на основните принципи за обучение на медицинските специалисти в страните – членки на Европейския съюз. Ръководен принцип на тази организация е осигуряването на еднакво високи стандарти на лекарите от тези страни, позволяващи тяхната мобилност в европейската зона. UEMS е европейският орган за постигане на хармонизация и еднакви стандарти в медицинското обслужване на европейския гражданин.
Сега, след приемането ни в ЕС, това членство означава, че СБМД става легитимен български партньор на UEMS; то задължава СБМД да стане трансмисия на европейската здравна система в България; да спомогне за въвеждането на европейският опит и стандарти в областта на квалификацията на лекарите и техните връзки с институциите, свързани със здравеопазването в България.
